El primer Hospital de Cauquenes fue construido en 1857 durante el gobierno de Don Manuel Montt, aparentemente por influencia de Don Antonio Varas de la Barra. Funcionaba en un edificio de pequeñas proporciones, construido en el mismo sitio actual. No contaba con enfermeras ni médicos, solo había unas cuidadoras destinadas a proveer de alimentación a los que allí se asilaban. Había además un asilo para impedidos, ancianos y un lazareto, que se habilitaba durante las epidemias de viruela.
A partir del 15 de enero de 1886, las religiosas de la Caridad Cristiana, procedentes de Alemania, se hicieron cargo de la administración del Hospital de Cauquenes. Las religiosas descubrieron que los pacientes no sentían devoción por el patrono del Hospital, San Rafael, e iniciaron las gestiones para que se llamara Hospital San Juan de Dios de Cauquenes.
En 1887 se inició una grave epidemia de cólera morbo, que diezmaba a la población tanto urbana como rural. Se hizo necesario contratar médicos y personal de enfermería de Santiago y habilitar el lazareto para poder atender centenares de enfermos. En 1890 se amplió la capacidad de hospitalización a 65 camas, lo que demandó mayor número de religiosas y personal de enfermería que ellas mismas adiestraron, siendo alumnas internas que vivían en el Hospital. Se preparó personal masculino para atender las salas de varones, así como eran mujeres las que se preocupaban de las enfermas de su mismo sexo.
El terremoto de 1939 destruyó totalmente, toda esta obra que tanto significaba para los habitantes de Cauquenes. Para atender la gran cantidad de lesionados los médicos organizaron un servicio de primeros auxilios bajo unas carpas que lograron alzar en la plaza de armas. Después la atención pasó a manos de médicos argentinos y chilenos destacados en el lugar.
A esta edificación, siguió después de un plazo no muy extenso, la construcción definitiva que inaugurara en 1947 el Presidente de la República Don Gabriel González Videla. Contó con 146 camas de hospitalización, destinadas a Cirugía y Maternidad en la planta baja y a Medicina y Pediatría en el segundo piso. En 1981 se construye el Consultorio Adosado Externo.
El 27 de febrero de 2010, un gran terremoto devastó la zona centro sur del país. A consecuencia de ello, el hospital San Juan de Dios de Cauquenes queda seriamente afectado. En el mes de agosto de 2011, bajo la presidencia de Don Sebastián Piñera Echenique con una inversión de más de 2 mil millones de pesos, se inaugura el Hospital de Construcción Acelerada con el que se logra dar normalidad a los servicios médico quirúrgicos, laboratorio clínico y esterilización.
Actualmente el hospital San Juan de Dios de Cauquenes es de mediana complejidad y dispone de los servicios clínicos: Médico Quirúrgico Infantil (Pediatría), Medicina, Cirugía, Gine-Obstetricia y Pensionado. También cuenta con una Unidad de Emergencia Hospitalaria, que atiende de manera indiferenciada las 24 horas de lunes a domingo durante todo el año y con Unidades de Apoyo. Además, ya se encuentra en ejecución la construcción un nuevo recinto hospitalario que se emplazará en el terreno donde se localizaba el ex regimiento Andalién en calle Yungay.